À condition d'être acceptée préalablement par l'acheteur, une facture électronique tient lieu de facture d'origine.

Cette acceptation doit être formalisée pour servir de preuve. Une simple information du passage à la facture électronique de l'acheteur n'est pas suffisante.

L'acheteur formalise donc son acceptation ou son refus de facture électronique.

L'authenticité de son origine (par l'identification de l'émetteur), une bonne lisibilité et l'intégrité du contenu (non modifiable) doivent être garanties :

• soit au moyen d'une signature électronique (par un certificat électronique qualifié) ;
• soit par la mise en place d'un ou plusieurs contrôles établissant une piste d'audit fiable entre une facture et la livraison de biens ou la prestation de services ;
• soit sous la forme d'un message structuré selon une norme sécurisée convenue entre les parties, permettant une lecture par ordinateur et pouvant être traité automatiquement et de manière univoque : progiciel de gestion intégrée (PGI), échange informatisé de données (EDI), format XML, courrier électronique avec un fichier PDF joint, télécopie reçue en version électronique, par exemple.

Ce n'est pas le mode de transmission électronique qui prime (il ne s'agit pas simplement d'une version électronique d'une facture-papier numérisée ou scannée, puis envoyée par courriel), mais le mode de conception de la facture.

Pour qu'une facture soit considérée comme une facture électronique, elle doit être non seulement émise, mais aussi reçue sous format électronique (courrier électronique ou transmission d'un lien sécurisé sur un portail internet), ce qui implique que les systèmes de l'émetteur (fournisseur) et du récepteur (client) soient compatibles et que la preuve de sa réception puisse être apportée.

Le contenu d'une facture dématérialisée doit correspondre à celui d'une facture-papier comportant strictement les mêmes mentions obligatoires.