Sont concernées toutes les entreprises, quel que soit le support de la comptabilité (papier ou dématérialisé) :

• soumises à une obligation de présentation de documents comptables ;

• relevant de l'impôt sur les sociétés (IS) ;
• ou relevant de l'impôt sur le revenu dans la catégorie des bénéfices industriels et commerciaux ( BIC), des bénéfices non commerciaux (BNC), des Bénéfices agricoles (BA) ou des taxes sur le chiffre d'affaires (TVA).

Information préalable de l'entreprise

L'entreprise doit être informée en amont par l'envoi d'un avis de vérification (en recommandé avec avis de réception ou remis en main propre), précisant expressément que le contribuable peut se faire assister par un conseil de son choix.

L'avis de vérification mentionne que la charte des droits et obligations du contribuable vérifié peut être consultée sur le site des impôts (www.impots.gouv.fr).

Intervention du vérificateur

En principe, la procédure se déroule dans les locaux de l'entreprise, sauf demande expresse du contribuable.

Pour la première intervention, le vérificateur fixe le cadre et les conditions des opérations de contrôle.

Cette première intervention permet notamment :

• d'échanger sur les caractéristiques de l'entreprise et sa situation économique ;
• et d'établir en commun un calendrier des interventions.

Au cours du contrôle, le vérificateur associe l'entreprise de manière transparente à l'ensemble des opérations.

En contrepartie, celle-ci doit mettre à sa disposition tous les documents nécessaires au contrôle (livres comptables, factures, relevés de comptes bancaires, contrats, par exemple).

Le contrôle porte principalement sur l'analyse des impôts dus par les professionnels : impôts sur les sociétés ou sur le revenu dans les catégories BIC/BNC/BA, taxe sur la valeur ajoutée (TVA) et taxes sur le chiffre d'affaires, contribution économique territoriale (CET et taxes foncières).

Contrôle en cas de comptabilité informatisée

Depuis le 1er janvier 2014, en cas de contrôle sur place, les entreprises qui tiennent leur comptabilité avec un système informatisé doivent remettre à l'administration, dès la première intervention, les fichiers des écritures comptables (FEC) conformes aux normes de l'administration fiscale.

Le défaut de présentation du FEC entraîne l'application de l'une ou l'autre des péanlités suivantes :

• une amende égale à 5 000 € si aucune rectification n'a été apportée ;
• en cas de rectification : l'amende applicable est d'un montant égal à 5 000 € ou 10 % des droits mis à la charge du contribuable si ce montant est supérieur à 5 000 €.

Durée du contrôle

Dans les petites entreprises dont le chiffre d'affaires est inférieur à 789 000 € pour les activités d'achat/vente ou 238 000 €  pour les prestations de services, le vérificateur ne peut pas effectuer un contrôle sur place supérieur à 3 mois.

Néanmoins, en cas de graves irrégularités privant de valeur probante la comptabilité, le contrôle de ces entreprises peut exceptionnellement durer 6 mois.

Garanties

L'entreprise dispose des garanties suivantes :

• information en amont par l'envoi d'un avis de vérification de comptabilité (sauf en cas de contrôle inopiné) lui rappelant de la possibilité de se faire assister par un conseil de son choix ;
• consultation de la charte du contribuable (qui précise ses droits et ses obligations) sur le site internet impots.gouv.fr ou remise sur simple demande ;
• limitation de la durée de la vérification de comptabilité sur place pour les petites entreprises dont le chiffre d'affaires est inférieur à 789 000 € pour les activités d'achat/vente ou 238 000 € pour les prestations de services ;
• information des résultats et des conséquences financières du contrôle ;
• principe de non renouvellement du contrôle sur les exercices ou revenus déjà vérifiés (sauf en cas d'agissements frauduleux, par exemple).

En cas d'insuffisance de déclaration, l'entreprise encourt une majoration appliquée à hauteur de :

• 40 % en cas de manquement délibéré ;
• 80 % en cas de manœuvres frauduleuses ou d'abus de droit.

En cas de défaut ou retard de déclaration, l'entreprise encourt une majoration appliquée à hauteur de :

• 10 % en l'absence de mise en demeure ou en cas de dépôt de la déclaration dans les trente jours suivant la réception d'une mise en demeure ;
• 40 % lorsque la déclaration n'a pas été déposée dans les trente jours suivant la réception d'une mise en demeure.